北海道新干线首班车于日本3月26日上午6点35分（中国时间约凌晨5点35分），自新函馆北斗站发车，乘客数约为731人，行驶149公里后抵达新青森站。

北海道新干线采用的「H5系」车型，是以东北新干线的E5系列车为基础，于车身颜色加入熏衣草紫（又名彩香紫，さいかパープル）代表北海道，未来北海道新干线将穿越世界最长的海底隧道「青函隧道」，连结北海道与日本本州岛。列车全为指定席，无自由座，东京站至新函馆北斗站的票价约为22,690日圆。

据《日本经济新闻》报道，北海道新干线每天预计往返13次，其中有10次与东北新干线串连运行，最快只要花费4小2分钟就能抵达东京。原本的货物列车也将沿用青函隧道，为日本全国新干线与其他列车共享轨道的首例。《每日新闻》指出，北海道新干线最高时速原本可达260公里，但因共享轨道，故仅能维持在140公里，若想吸引民众改搭新干线，缩短行驶时间将是一大课题。